Au commencement, la Grainerie est une ancienne friche dans laquelle se sont installés des artistes et des compagnies (à dominante cirque) désireux de monter un projet commun.
L’école de cirque Saltobrank, l’association Nickel Chrom – Pleins Gaz (formation professionnelle) et l’Agit (compagnie de théâtre itinérant), s’installent dans les locaux en novembre 1997 et signent un bail précaire avec la filiale immobilière de Auchan (Immochan),
propriétaire des lieux.
En 1998, l’association Acolytes rejoint la Grainerie (diffusion de spectacle de cirque avec notamment les Acrostiches et à l’époque la compagnie Vis-à-vis et la compagnie 111, aujourd’hui de renommée internationale) suivi par le Point d’Ariès (compagnie de marionnettes) en 2000.
La Grainerie met à disposition 2000 m2 d’espaces pour les artistes et compagnies (résidents ou de passage) répartis en salles de travail et de répétition ; en salles d’entraînement, de création de costumes, de décors, en espace de stockage et en bureaux. Voir : la 1ère Grainerie
L’école de cirque Saltobrank propose quant à elle des ateliers de cirque fixes et itinérants dans la région.

L’activité de Saltobrank, la présence du collectif des compagnies de cirque incarné par Acolytes, et les liens tissés avec l'école de cirque toulousaine du Lido ont fait de ce lieu un centre de création de référence à dominante cirque sur l’agglomération toulousaine.
Avec l’Année des Arts du Cirque en 2001 un partenariat institutionnel se met en place notamment lors de l’événement 1,2,3,cirque !
Voir également le rapport Cardon.

En novembre 2002, les différents acteurs du projet décident de former l’association La Grainerie afin de le clarifier et d’avoir une meilleure visibilité. L’association a alors pour objet de « gérer et animer le lieu La Grainerie, mais aussi d'œuvrer au développement des Arts du cirque et du spectacle vivant, notamment au travers de la préfiguration d'un centre de développement régional en agglomération toulousaine ». Les bases d’un projet de plus grande ampleur sont alors jetées.
La Communauté d’agglomération du Grand Toulouse inscrit la Grainerie comme projet prioritaire dans son contrat.

En septembre 2005, une Grainerie provisoire offrant plus d’espaces et plus d’accessibilité a ouvert ses portes dans d’anciens bâtiments militaires à Balma Gramont.

En décembre 2006, La Grainerie déménage de nouveau. Elle se fixe alors sur son site définitif à Balma Gramont mais est installée de manière provisoire pendant la durée des travaux. Voir la Grainerie pendant les travaux
Les bureaux sont installées dans des préfabriqués.
Un chapiteau mis à disposition par la Communauté d'Agglomération du Grand Toulouse, est implanté pour les entraînements libres.
Il n'y a pas aucun espace de création pendant quelques mois. Le Hangar, qui abritera le batîment définitif sert alors de stockage pour les compagnies et des espaces pendrillonnés sont installés sommairement.
En octobre 2007, un deuxième chapiteau est mis à disposition de la Grainerie pour les accueils en création, pendrillonné en plusieurs espaces.

Le début des travaux est prévu pour septembre 2008.

Fin 2009 verra naître la Grainerie définitive, à quelques centaines de mètres du métro de Balma Gramont, sur une parcelle de 11 500 m2.